需要进行MOI测定。研美生物提供病毒滴度大于10^8 TU,这个滴度是我们在工具细胞中测得的。为了保证每个细胞只进入一个病毒颗粒,一般要求MOI<0.3。但是每个细胞系的病毒感染能力不同,因此需要针对每个细胞系进行MOI的测定。
每次电转反应需100 ng的质粒。研美生物提供的CRISPR质粒文库均为100 ng/μL,向电转杯加入25 μL电转感受态和1 μL质粒即可满足要求。
是的。冻转感受态一般是10^7-10^8 cfu/μg质粒,电转感受态一般是10^9 cfu/μg以上,为了保证500x以上的sgRNA覆盖度,无论从什么途径得到的CRISPR文库质粒都应该进行电转扩增。
理论上1×10^6 cells提取出基因组量为6.6 μg,因此细胞样品低于1×10^6 cells为风险样本,经过流式等操作获得的细胞应尽可能>4×10^5 cells。组织样品适中即可,过大则导致消化不完全。
细胞沉淀:贴壁细胞经胰蛋白酶消化后,离心收集细胞沉淀(干冰运输); 悬浮细胞直接离心收集沉淀(干冰运输)。细胞沉淀可见管底芝麻大小。
活细胞:T25瓶,灌满培养基,细胞密度>80%(泡沫箱常温运输)。
冻存细胞:冻存细胞从液氮罐中取出,冻存细胞干冰运输,否则会影响 DNA 抽提质量。为了保证 DNA抽提质量,确保细胞在消化或冻存前,细胞状态良好,处于生长对数期。
基因组DNA:OD 260/280在1.8~2.0 之间,浓度≥50 ng/μl,体积>100 μl;
组织块:介于绿豆粒~黄豆粒大小之间即可(干冰运输)。
PCR产物:Qubit浓度≥10 ng/μL,5 μL;Nonadrop浓度≥20 ng/μL,5 μL。
细胞数计算方式:
文库类型 | 举例 | 乘数 | 细胞数 |
亚库 | 10000 sgRNA | 500× | 500w/样 |
全库 | 100000 sgRNA | 300× | 3000w/样 |
在CRISPR筛选中,单载体系统和双载体系统的选择取决于实验需求。单载体系统简便,一次转染即可完成基因编辑,构建简单,一步到位地转入gRNA和Cas9,但感染效率低,质粒庞大导致构建、维护和传递难度大。而双载体系统高效,Cas9在细胞中稳定表达提高编辑效率,且灵活,可轻松更换gRNA质粒不影响Cas9表达,但操作复杂,需两次转染,且需额外构建和维护稳定表达Cas9的细胞株。若实验注重简便性和一次性构建整个编辑系统,单载体系统更合适;若追求更高编辑效率和更大灵活性,如多次更换gRNA进行筛选或验证,双载体系统更合适。
一个优秀的CRISPR质粒文库需要满足以下标准:
覆盖度高:应涵盖目标基因组的大部分基因,确保不会遗漏重要基因,公认的标准是文库覆盖度超过99%。研美生物的文库覆盖度超过99.9%
均一性好:文库中每个sgRNA的丰度应相对均匀,避免某些sgRNA过度或不足表达,影响筛选结果的准确性,公认的标准是文库均一性小于10,研美生物的文库均一性小于6。
在CRISPR筛选中,选择带荧光标记还是抗性标记的载体取决于实验需求。荧光标记载体便于实时监测基因编辑过程和快速分选高表达gRNA的细胞,但需要专业设备且可能受背景干扰;适用于需要实时监测或单细胞水平筛选的实验。抗性标记载体通过抗生素筛选保证稳定性,操作简单且成本低,但筛选时间长且无法实时监测;适用于大规模全基因组或长时间筛选实验。若实验需要实时监测或单细胞水平筛选且具备设备条件,建议选荧光标记载体;若更关注稳定性和成本控制且实验规模大或时间长,建议选抗性标记载体。
细胞上库时,优先选择增殖速度快、贴壁稳定、均匀平铺且易于消化的细胞。这些特性有助于提高操作效率并确保文库细胞的覆盖度和均一性。相反,增殖缓慢、贴壁不牢、抱团生长或难以消化的细胞,会增加操作难度,降低上库效率,最终可能影响文库的完整性和功能表现。
慢病毒包装要达到较好效果,需从多方面入手。首先,包装细胞的状态至关重要,细胞应处于对数生长期,生长旺盛且密度适宜(70%-80%最佳),这样细胞的代谢和增殖能力较强,更利于病毒的包装。其次,包装质粒及核心质粒的浓度对包装效果影响显著。一般而言,质粒浓度高于500 ng/μL(经Qubit测量)时,包装效果最佳;而当质粒浓度低于200 ng/μL时,包装效果会显著下降。我司的病毒包装试剂盒,内含高浓度的包装质粒和高效的转染试剂,搭配处于最佳状态、代数较低且包装效率更高的Lenti-X 293T细胞,能够显著提升慢病毒包装的效果,为您带来更高效、更可靠的病毒制备体验。
细胞和组织样品使用干冰寄送,基因组和PCR产物使用冰袋寄送即可,若地区较远,基因组和PCR产物也请使用干冰寄送。
测序单上所填样本信息与实际送样管上标注内容一致,若一个样品分装在多个离心管中,请在送样测序单中备注清晰。
客户单位、姓名、电话、邮箱为必填基本信息,sgRNA文库信息需填写正确文库ID(Scishare或Addgene网站文库ID)和骨架载体。送样单上样本名称需与寄送样品管上标注一致,报告中的名称填写最终获得测序报告分析中呈现的名称。
细胞样品需填写:样品管上标注名称、细胞数、报告中呈现的名称、物种名称以及样本类型。
组织样品需填写:样品管上标注名称、克重、报告中呈现名称、物种名称以及样本类型。
如寄送样本为直接送测样本(带有barcode),需填写正确的引物名称。
要初步判定慢病毒包装效果,可以通过观察转染后细胞的形态和状态来进行判断。通常情况下,慢病毒包装过程中会对包装细胞产生一定的毒性,这种毒性会随着病毒组装和释放而逐渐显现。
转染后24小时:在显微镜下观察包装细胞。如果细胞密度没有明显增加,部分细胞出现凋亡迹象(如细胞收缩、碎片化),少量细胞异常膨大,这通常是慢病毒包装成功的表现。这是因为病毒正在细胞内组装,导致细胞受到一定压力。
转染后48小时和72小时:继续观察细胞状态。如果凋亡细胞和异常膨大的细胞数量逐渐增加,到72小时时,90%以上细胞形态瓦解,这进一步说明慢病毒包装效果较好,病毒颗粒正在有效组装并释放,对细胞造成了较大损伤。
相反,如果在转染后24小时观察到细胞继续扩增,细胞密度较大且形态正常,说明细胞未受到明显毒性影响,这可能意味着慢病毒包装效果不佳。此时需要进一步排查原因,例如质粒转染效率、细胞状态或培养条件等。
从-80℃冰箱或液氮中取出冻存细胞,表面消毒后迅速置于37℃水浴锅中,轻柔晃动使其完全解冻。随后,将细胞悬液转移至含有9 mL预热培养基的离心管中,轻柔颠倒混匀。以1000 rpm离心3 min,弃去上清,加入1 mL新鲜培养基重悬细胞,吹打混匀后,将细胞悬液转移至培养皿中,置于培养箱中继续培养。使用我司的即用型冻存液,操作简便,复苏效率高达95%以上,能够有效保护细胞免受冷冻损伤,维持细胞的活性和功能。
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